Huyendo de su planeta natal que está siendo destruido por la guerra, un inmenso robot de nombre "Bio Robot" aterriza en la Tierra junto a su amigo androide Peebolo, durante la era feudal japonesa. A su llegada al archipiélago, elige cinco jóvenes que el gigante de metal inunda de bio-partículas, después de la destrucción de Biostar, con la esperanza de que la humanidad futura saque provecho de su uso. Quinientos años más tarde, BioRobot y Peebolo se despiertan de un largo letargo, cuando una crisis estalla en la Tierra. En efecto, un nuevo imperio GEAR, una sociedad compuesta de monstruos mecánicos y otros humanos robotizados gobernados por el malvado Doctor Mad, se ha revelado e intenta conquistar la Tierra. Bioman y Peebolo parten entonces a la búsqueda de los descendientes de los cinco japoneses ya mencionados irradiados por las bio-partículas, con el fin de mostrarles su poder y ayudarles a combatir el Nuevo Imperio GEAR. Otros personajes entraran en escena más adelante, como el androide caza-recompensas Silver, determinado a erradicar a los Biomen.