La serie narra las historias del abogado Ramón Sarmiento (Benjamín Vicuña) y la asistente social Laura Pedregal (Daniela Ramírez), ambos trabajadores de la Vicaría de la Solidaridad, organismo que tenía como misión la defensa de los derechos humanos durante el Régimen Militar en Chile. En esta institución las asistentes sociales tenían como tarea el recibir a los familiares o bien las personas que estaban siendo perseguidas por los agentes de seguridad. Posteriormente los abogados tenían el trabajo de interponer las acciones legales, recurso de amparo que tenían por objeto la protección de una persona. En el primer capítulo de Los archivos del cardenal, Ramón Sarmiento ve cómo detienen a un hombre en la calle. El hecho lo impacta y parte a la Vicaría de la Solidaridad. En esta institución conoce a Laura Pedregal, quien trabaja allí junto a su padre, Carlos Pedregal (Alejandro Trejo). Juntos comenzarán a involucrarse en estas historias de los perseguidos por los agentes de seguridad. Quien estaba a cargo de esta institución era el vicario Cristián (Francisco Melo), cuyo papel está inspirando en el padre Cristián Precht Bañados.