En el futuro, debido a los problemas de sobrepoblación en la Tierra, la Humanidad empieza a colonizar otros planetas. Una de las naves, la Mesopotamia, estaba diseñada con un sistema que le permitía tener una razón casi humana, una situación con ventajas y desventajas desde el punto en que se le mire. Este sistema fue desarrollado por Lorelei, una joven genio, que además de ser inteligente, dulce y amable, es muy hermosa, tanto que cautivó a Fausto y Ieyasu, tripulantes de la nave. Cerca de un planeta donde se encontraron condiciones propicias para la vida, la nave empezó a comportarse de una manera extraña. Se dice que la nave chocó en el planeta y se destruyó, pero en realidad la nave, después del accidente, sigue orbitando alrededor de Terra 2, nombre que le dieron al planeta los sobrevivientes. Seis hombres, fueron los que sobrevivieron y llegaron al planeta en una nave de escape. Fausto (Faust) y Ieyasu se encontraban entre ellos. Lorelei logró comunicarse, se encontraba encerrada en la nave, y la manera de rescatarla era programando "circuitos virgen" (乙女回路, おとめかいろ, Otome Kairo) para recrear su personalidad y que la nave pudiera liberarla, siendo que la Mesopotamia de alguna manera se había enamorado de Lorelei. Fausto y Ieyasu, enamorados de aquella mujer, se dedicaron a crear estos circuitos virgen. La historia comienza cuando Otaru Namiya después de un altercado con Mitsurugi Hanagata llega al Museo de los Pioneros de Japaness descubre y despierta a Lima (Lime), una de las marionetas de Ieyasu que tiene un circuito virgen. Luego de un tiempo despierta a Cereza (Cherry) y a Zarzamora (Bloodberry), ahí comienza la historia sobre la vida de Otaru y sus 3 Marionetas, además de la rivalidad entre la supertecnificada Gartland y la rústica Japaness que va más allá del afán expansionista de Fausto.