La historia de Stargate Universe girará en torno a un grupo de militares, científicos y civiles que se ven obligados a abandonar la base en la que trabajan y atravesar el Stargate cuándo está es atacada. Los supervivientes que consiguen llegar al otro lado, aparecen en una nave perdida en lo más recóndito del universo. Tras descubrirse el misterio del noveno chevron, un grupo de militares, civiles y científicos que habitaban la base secreta Ícaro se ven forzados a cruzar prematuramente el Stargate cuando la base es atacada. Como resultado, viajaron al interior de la nave Destiny (Destino), lanzada por Los Antiguos en la época dorada de su civilización como un experimento puesto en marcha pero nunca finalizado. Lo que comienza como un accidente, termina siendo una misión sin fin cuando la improvisada expedición se percata de que la nave no puede regresar a la Tierra y ahora tienen que sobrevivir a bordo. La tripulación viajará a los confines del universo, cumpliendo así con la misión original de la Destiny: plantar puertas estelares en todos los planetas de la galaxia. Surgirán retos al acercarse la nave a las puertas enviadas hace miles de años y no poder la tripulación cambiar la ruta de navegación de la nave. Si alguien se queda atrás, no se podrá regresar a buscarlo, añadiéndose esto al drama de encontrar nuevas razas, enemigos y aventuras.